En el caso de procesos de duración corta estimada, entre 5 y 30 días naturales, el primer parte de confirmación se emite a los 7 días naturales de la fecha de la baja como máximo. Y los siguientes partes, a los 14 días naturales.

El tercer proceso se refiere a la duración estimada media, entre 31 y 60 días naturales. En ese caso, el primer parte de confirmación también se emite como máximo a los 7 días naturales de la fecha dela baja y los siguientes partes, a los 28 días naturales.

El cuarto y último supuesto se refiere a las incapacidades largas, de 61 o más días naturales. El primer parte de confirmación se emitirá a los 14 días naturales de la fecha de baja y, en su caso, los siguientes partes de confirmación serán cada 35 días naturales.

En todos los casos, el médico expedirá los partes médicos de baja, confirmación y alta, entregando al trabajador dos copias, una para él y otra para entregar a la empresa, en el plazo de tres días, salvo que tuviera ya finalizado su contrato de trabajo. En ese caso, la copia la llevaría a la Mutua. Si es una contingencia profesional, como es la propia Mutua la que lo extiende, no sería necesario entregar la copia.

Por parte de la empresa, al recibir la copia de la baja, será necesario cumplimentar el parte con los datos sobre cotización, clave del código nacional de ocupación, el de la provincia del centro de salud y los datos genéricos definidos a través del sistema (RED). También por sistema (RED), el empresario está obligado a transmitirlos al INSS, como máximo en tres días hábiles.

En cuanto al parte de alta, el trabajador lo tiene que presentar en 24 horas a la empresa o a la Mutua si ha finalizado el contrato, aunque como en el caso de la baja, si es contingencia profesional, no hará falta llevarlo a la Mutua, que es quien extiende esos partes. Si el médico ha prolongado la baja más tiempo de los 5 días con un parte de confirmación, el trabajador debe entregarlo a la empresa en 24 horas. 
En los casos de incapacidad temporal donde el profesional cobra el subsidio del INSS/ISM/Mutua, entregará a estos organismos la copia destinada a la empresa.

Los empresarios deben conservar los partes médicos en soporte papel durante los cuatro años siguientes a la presentación telemática de los datos.